翩然飛來台灣的4隻丹頂鶴家族已失蹤多日，但因風向尚未轉吹南風，鳥友研判「牠們還在台灣」，不料19日卻出現一輛輛滿載廢土的大卡車，駛入丹頂鶴棲息的淡水淡海新市鎮「倒廢土」，遭地方和保育人士痛批營建署「玩兩面手法」。 丹頂鶴去年底飛抵台灣後，原棲息在金山鄉一處道路預定地，台北縣政府顧及生態及國際形象，暫緩道路工程，卻引發部分地方人士強烈反彈，粗暴驅趕，丹頂鶴驚嚇飛往淡水，停留在營建署當年填海造陸，預定做為垃圾焚化廠的土地上。 為避免金山鄉驅趕事件重演，縣府和淡水鎮公所都動員護鳥，並要求附近的營建署「工21」工地暫時停工，營建署也從善如流，還立刻動員人力修復圍籬，防止民眾擅闖。 後來，保育人士和淡水鎮公所建議，將該塊土地闢建成人工濕地。 保育界和地方人士不滿指出，營建署一方面答應保育人士，另一方面卻悄悄復工，鳥友也表示丹頂鶴最近失蹤可能是天氣太熱，飛往山區「避暑」，冷一點就可能會飛回淡水，營建署不該裝迷糊。
內政部營建署說，政府去年成立東沙環礁國家公園，是第一座海洋型國家公園，為提升海洋保護區面積，今年將辦理綠島、北方三島 (彭佳嶼、棉花嶼、花瓶嶼)及澎湖群島生態、漁業及景觀資源調查分析，朝成立海洋型國家公園努力。 內政部在去年成立海洋國家公園管理處，主要以海洋環境及資源保育為重，由於東沙環礁國家公園是台灣海域唯一發育完整珊瑚環礁，扮演南海與台灣周邊海域海洋生物種源庫的角色，未來重點在建立東沙環礁生態基礎資料以進行珊瑚復育。 海管處透露，自今年起，將以3年時程移除東沙島上例如銀合歡的外來種植物，並同時建置苗圃培育原生種植物，以阻絕外來種植物入侵機會，並以「生態復育」理念進行整體生態空間營造，回復東沙島原有自然生態景觀面貌。 營建署指出，政府為展示重視海洋，以海洋立國強烈企圖心，同時也向國際社會表達台灣善盡海洋保護國際義務，目前正辦理綠島及北方三島各項陸海域生態、漁業及景觀資源調查分析。 且為消除民眾疑慮，今年將加強與當地社區民眾溝通，宣導生態保育與永續發展理念，積極朝推動綠島、北方三島甚或澎湖群島等成立海洋型國家公園努力。
台灣自然海岸線已經消失一半，台灣本島西部人工化尤其嚴重。因此，行政院剛核定的「永續海岸整體發展方案」明定，雲林、嘉義、台南、台中、花蓮及澎湖的海堤數量都要降低。 根據營建署統計，九十五年台灣本島自然海岸線僅剩百分之四十四點七，如果加上澎湖整體情況會好一點，但也只能提升到百分之五十點九。換句話說，台灣有一半的自然海岸線已經消失。 為了回復自然海岸線風貌，海堤成為自然海岸線復育的重點項目之一，而西部人工海岸線的縣市首當其衝成為「改造」目標。自今年起，政府將逐年檢討降低澎湖、台南、嘉義、雲林、台中及花蓮海堤的可行性。 相關官員指出，日後一般性海堤除了防災之外，原則上不再新建，而現有的海岸防護措施與設備，如已失去保護標的且有礙景觀，將與地方協調取得共識後拆除。 另外，海邊雖然是國人從事觀光遊憩的好去處，但人為設施明顯讓自然海岸線消失。對此，方案針對各風景區也有所規範，凡不必要的人工設施都應移除，東北角每年舉辦大型音樂盛會的福隆海域，今後禁止砍伐林投樹及沙丘植物。
營建署市鄉規劃局去（2006）年11月進行「國家重要濕地」推薦作業，廣邀各界推薦全國重要濕地，供納入評選參考。營建署表示，2月起將召開「國家重要濕地評選小組」會議，分二階段辦理重要濕地評選工作。 在全國濕地的推薦活動中，截至1 月底止，各界共向營建署推薦68處濕地（詳見附表一），除基隆市、臺中市及金門縣尚未接獲任何單位之推薦資料外，全國各縣市均有推薦濕地。 營建署說明，評選作業初選階段以評定各推薦濕地重要性為原則；複選階段則進一步將之區分為「國際級」、「國家級」、「地方級」及「待研究型」濕地，並完成「國家重要濕地分布圖」，展現台灣保育溼地作為，並可提供相關單位舉辦生態旅遊及教育參考。
