專家指出，雖然赤水河目前釀造茅臺酒的生態功能仍能正常發揮，但隨著人爲活動日趨頻繁，赤水河特殊的生態系統也漸漸在改變，若不加強治理和保護，茅臺酒很可能會面臨威脅。
爲此，貴州省特別編制「茅臺生態功能區保護規劃」，期望在釀造茅臺酒生態環境的奧秘尚未真相大白之前，能盡力維護這塊神秘的生態系統。「茅臺生態功能區保護規劃」提出兩大目標，一是做到水土保持，維持赤水河水質；二是通過建立國酒特殊水源保護功能區，減少攜帶著污染物的來水對保護區的影響，完善茅臺酒特殊用水及釀造環境的保護網路。
此外，貴州開始在赤水河流域整治礦產資源開發活動，並實施治理工礦污染及其生活污染等防護措施，除了推動綜合治理工程，治理工業、農業和城鎮污染，也採取封山育林、擴大森林面積等方式，保證赤水河的生態安全。
