甲午之變，台灣成為日本首先吞併的殖民地，實施隔離政策，阻斷台灣原先和大陸的政經、社會、文化聯繫及影響，以便利融合為帝國的皇民。其後台灣各地武裝抗日屢仆屢起；大陸國民革命也風潮正熾，恐會有武器從大陸流入台灣助長抗日勢力，梧棲成為「特別輸出入港」－－暫限中國船隻進出，加強台灣大陸往來船集的管制。而後日本重心放在基隆、高雄二港的開發，並積極籌設島內南北縱貫鐵路，打破清代南北運輸海路獨盛的結構，更加速了梧棲港的沒落。
二次世界大戰期間，日人為改善島內港灣分布不均以應產業成長的需要，以及國防安全和「南進政策」軍事擴張的需求，開發大甲溪充沛水力發電，供建設工業港發展濱海實業計畫。乃在評估鹿港和梧棲港各項建港條件優缺，擇定梧棲為建港地點，取名為「新高港」。後來因二次大戰末期戰情吃緊，資金供需不足，而且遭美軍飛機轟炸設施，建港及合併大甲、清水、沙鹿、梧棲、龍井等鄉鎮成「新高市」的計畫半途而廢。
