日治時代，士林平原的水田已經延伸到芝山巖的山腳下。聳立在一片水田中的芝山巖，顯得相當醒目。日本植物學者經多次調查，發現芝山巖的植物種類非常豐富，新發現的物種和珍稀植物也相當多，日本政府因此將芝山巖評定為天然物紀念地，規劃為全臺第一座保安林，許多林木因此受到相當好的保護。當時，碧綠的芝山巖，如同大屯山下的一方綠洲，許多鳥類會在嚴冬從大屯山降遷到芝山巖過冬，有些候鳥也會把芝山巖當成避寒勝地。
