日治時期 1895年台灣淪為日本的殖民地,龍山寺曾是鹿港抗日志士的重要據點,日本政府為了徹底根除抗日意識,下令將龍山寺改為日本本願寺分寺,將正殿主祀的觀音菩薩換成阿彌陀佛,並派日本和尚主持。此後台灣民眾信士不能再進入正殿禮佛,觀音菩薩及其他諸神幸經地方人士協調移至後殿供奉。