國府方面與駐台分署配合的是隸屬於行政院下的美援運用委員會（簡稱美援會），1948年成立的美援會，負責各項美援的申請、核發與監督工作，是美援總署駐台分署的主要對口單位。除了美援會，運用經援的單位還有1948年成立的農復會以及1951年成立的「經濟安定委員會」（簡稱經安會），農復會與經安會都是由中美雙方派員組成的，分別在農業和工業部門直接進行發展策略的規劃與管制。有趣的是：這三個單位都獨立於國府的行政之外，也就是說，這三個單位是接受美國而不是國民政府的控管。這個設計使得運用美援的單位相當程度地聽命於美國，直接地使台灣的經濟發展策略透過美援的組織與運用，操控在美國手中。
