過去這十年之內墾丁國家公園內湧進大量的遊客，所造成的海岸開發、水質污染、過度漁業捕撈和海葵與松藻的增生等等問題，再加上無數個颱風的作用。墾丁整體珊瑚功能群多樣性是下降，既使是40%的覆蓋率也只是存留耐污性的物種，對整體生態系功能並無顯著的幫助，這些都是在已發表科學文獻中可以獲得的資訊。2007年的墾丁珊瑚礁受到異常高溫海水的影響而產生1998年以來第二大的珊瑚白化，筆者的實驗室整理中準備發表的資料顯示，墾丁海域的珊瑚死亡率約在15%-20%左右，何來如美國與海生館學者所說的迅速恢復？
許多超商為方便消費者購買與提領，將六罐、八罐甚至12罐飲料套上塑膠飲料提把（plactic pack rings），但這小小的一片塑膠環，民眾若沒有妥善處理，可能造成海洋生物大量死亡的危機。 1960年由製造商ITW Hi-Cone發明的半打裝飲料提把（sixpack rings），在短短十年就取代原有的紙盒與金屬包裝。但早期資源回收的觀念尚未成形，民眾隨手亂仍，八○年開始，塑膠提把成為海中最嚴重的污染之一。
東部海域出現異常情況！最近一個月二十五尾鯨鯊闖入定置漁網，且都是四米長左右的幼鯊，情況相當罕見。海洋大學鯨鯊研究小組研判，東部海域可能有一群鯨鯊，就像「老師帶學生出遊」一樣，至於什麼原因導致鯨鯊在一月份出現，研究小組還搞不清楚。 「反常」、「幾乎每天都有鯨鯊（豆腐鯊）闖入定置網。海洋大學環境生物與漁業科學系副教授莊守正說，這一個月來，研究鯨鯊的學生每天都在外面，忙著標放鯨鯊，「從來沒有過這麼多鯨鯊的紀錄」。 莊守正表示，月初到今天為止，東部海域從東澳至花蓮，已經有二十五尾豆腐鯊闖入定置漁網，當中有一尾闖入三次，負責研究豆腐鯊的學生忙著標放。雖然豆腐鯊在每個季節都可能出現，但是通常在三月至六期間，才是豆腐鯊活躍的時間，今年一月就這麼密集出現相當反常。 莊守正研判，東部海域有一群豆腐鯊，且都是幼鯊，數量有多少無法估計，「就像老師帶著一群學生出遊」般，且由北往南移動。 莊守正表示，豆腐鯊雖然會結伴出現，但是不會很大群，曾經在墨西哥灣發現數十尾豆腐鯊集體行動，後來就很少紀錄到成群的豆腐鯊。 海巡署東巡局八一大隊表示，最近豆腐鯊出現的頻率的確很高，元旦至今太麻里鄉三和定置漁網就有五尾豆腐鯊闖入，交給博士班學生徐華遜等人標放。
2008前瞻：從懼海到親海 建構海洋資源的永續價值
珊瑚礁保育學者，除了對於「海洋事務部」胎死腹中，表示失望外，更強烈質疑，1992年11月，在綠島東岸擱淺沉沒的「畢卡索號」貨輪，以及2001年1月，於墾丁龍坑海域，觸礁沉沒的「阿瑪斯」號貨輪之殘骸後續處理方式，同時也提出，諸如人工漁礁不當投放、海洋箱網養殖負面影響被忽視、被破壞的珊瑚礁環境還沒有恢復的跡象、珊瑚礁長期監測研究計畫被閹割等等。 綠島電線桿礁破壞珊瑚群聚 綠島電線桿礁壓毀海綿 以人工漁礁投放政策為例，近三十年來，投資金額雖已超過二十億元，部份漁礁雖具有聚漁效果，但是卻讓這些漁群被一網打盡，反而破壞資源永續的原則。況且有些漁礁的製作與投放方式，還是破壞海洋環境的兇手。 譬如大型鋼鐵人工漁礁，近二年的投資金額，已超過一億三千多萬元，但部份投放地點竟然選在重要珊瑚礁區域。事後，經過海洋學者的口株筆伐之後，才在2005年11月間，花費鉅資調離，除了浪費公帑以外，還破壞珊瑚礁生態環境。 再以除役軍艦礁為例，近三年來，政府也花費了近七千萬元的船體處理費，但投放各海域之後，部份船體已被海浪撃毀、解體，除了失去漁礁功能以外，
聯合國科學家與124國代表今起在比利時召開會議，預定周五將提出「全球暖化」最終報告，做為各國制定政策與相關立法的依據。在此同時，美國海洋學家警告，全球暖化除了造成陸地動植物滅絕，冰河冰山快速融解之外，也正在提高人類食用海洋魚類中毒的機率。
發現藻礁 據台大戴昌鳳教授表示，其研究團隊大約以一年的時間，針對北部海岸的生物礁，做了表面的觀察以及切片研究，發現台北石門鄉的麟山鼻、三芝鄉後厝、桃園縣的觀音以及屏東縣的恆春風吹沙等地的生物礁，其實是藻礁。 這些生物礁是由紅藻類裡面的珊瑚藻所建造的，並不是一般所見的珊瑚礁。當然藻礁上面 還是有一些珊瑚的小群體，但大多還是以藻礁為主，所以在生物分類學上，我們把它稱為藻礁。 藻礁的定義是以珊瑚藻為主所建造的石灰岩礁體，如果是以珊瑚為主要建造的礁體就是珊瑚礁，兩者在結構上當然有很大差別，珊瑚的生長環境比較靠近熱帶與亞熱帶海域，成長的速度也比較快，礁體較堅固、質地較堅硬，水溫環境較高、水質要求較高。 而以珊瑚藻為主所建造的藻礁，也有很多種型態，其構造也多不太一樣，如果我們從礁體切片來看，因為珊瑚藻都是薄薄的一層一層疊起來，生長速率與珊瑚礁比起來要慢很多。 雖然藻礁的生長速度比較慢，但是在水溫稍微低一點的環境，或者是潮浪稍微強一點、水質中的泥沙沉積稍微多一點的環境，珊瑚藻仍然可以生長。所以藻礁生態系，也可能成為珊瑚幼苗附著的生物礁體。 從海洋生態系的角度來看，藻礁和珊瑚礁的功能很類似，同樣是建造一個立體的礁體，礁體也可以提供許多海洋生物棲息繁衍，在海洋生態系統上扮演相當重要的角色。 古老記憶 根據研究報告顯示，台灣的藻礁地質年代，最年輕的大概也在六千年左右，最老的大概是幾萬年，也就是說上一次冰河期的時候，台灣海平面大概比現在還要低個一百公尺左右，後來海水慢慢上升，當時的環境，可能適合藻礁的發育。所以我們在台灣西北部海岸，還可以看到藻礁發育的現象。而藻礁的建造，是珊瑚藻用生命來沈積碳酸鈣，以世代交替的方式，緩慢的向大海擴張它的版圖，為海洋生物建構一座座穩固的王國。在石門麟山鼻海岸的藻礁前緣，很容易就能看到各不同種類的貝類、藻類、蝦蟹類，而水底還有柳珊瑚、軟珊瑚、造礁珊瑚。藻礁所構成的生態系，可說相當豐富，好像一座海底花園。 例如，台北縣西北邊的三芝、石門海岸，是藻礁主要分佈區域之一，此段海岸大約十公里，最寬處大概有一百多公尺，此一區域的海流較強，水質與環境干擾度，可能是藻礁生存環境可接受的範圍內，部分區域的藻礁生長情形還算良好。 另外，位於屏東縣恆春風吹砂的珊瑚藻礁，因為環境條件較佳，藻礁還很健康。而位於桃園縣觀音海岸的珊瑚藻礁地形，相當平坦寬闊，長約四公里，寬度達二百公尺左右。 危機前夕 但是，藻礁生態系到了1998年才經學者證實，一般人對於藻礁的生態還是相當的陌生，藻礁生態系的功能與重要性，也就很容易被忽視，像港灣工程、防波堤就直接蓋在藻礁上面，而工業廢水污染、泥沙沈積也相當嚴重。 像觀音海岸的珊瑚藻大多已死亡，目前，在藻礁的前緣，可能是海流因素水質交換較佳，只剩下少部分幸運的存活下來，但是因為經濟發展的需求，新的挑戰又陸續出現。 譬如，1997年，台電大潭燃氣火力電廠在觀音塘尾海岸，進行冷卻水的進出水道工程，就首先破壞了部分的藻礁海岸。2001年5月，觀塘工業區也正式在藻礁海岸填海造地，開闢天然氣接收專用港。海洋學界多年來所擔心的惡夢，終於發生了，台灣西部海岸的藻礁生態環境，已經延續了上萬年，但是卻在我們這一代，斷絕了它們的生機。 其實藻礁所建造的礁體，就能保護海岸及陸地，尤其，在藻礁四周的海底，就是海洋生物聚集、生息繁衍的重要棲地。但目前，在觀音海岸看到的盡是工業區排放的污水，造成依賴藻礁生活的生物，全部都滅絕了。而經過萬年礁結成形的礁體，也成為建築地基，為什麼就連藻礁的遺骸，我們都沒有辦法保留給下一代來憑弔，要全面將它摧毀？
