在恆春捕飛魚是春夏季的重要產業，但漁民也直說「如果光靠飛魚會餓死」，因為漁民第一手的批發價約1斤10－20元，即使一經轉手市場上的價格漲到1斤50－70元左右，仍屬於中低價的魚種，再加上飛魚多刺，大多製成魚乾販售，銷售市場受限，或許也正因為如此，以往飛魚比較沒有被大量捕捉的壓力。民國91年開始，飛魚的魚肉，被人們拿去做為魚漿、魚丸、黑輪的原料，使得飛魚的捕捉量暴增了3倍多，而近兩年來隨著觀光風潮的盛行，價格低廉的飛魚，也開始有了不一樣的發展。 觀光是好是壞很難有定論，走入生態觀光不但讓飛魚受到重視，也開創了賞飛魚的漁業第二春，這是一個好的開始，但是台灣的觀光型態卻難以逃脫「吃」，從黑鮪魚到曼波魚，都是以美食為號召，當然飛魚也不例外，政府促銷，媒體推波助瀾飛魚生態的危機也慢慢浮現。 尤其是吃飛魚卵，一直以來就是備受爭議。
梅雨季帶來連日豪雨，造成國內各地災情頻傳，漁民卻拜梅雨之賜，今年飛魚卵獲量比去年豐收。半個月來，基隆地區飛魚卵量已有200多噸。 每年四月至七月間，是基隆彭佳嶼海域飛魚卵產期；飛魚屬於洄游性魚類，每年三、四月間隨著南太平洋的黑潮北上，游經台灣東部海域，至彭佳嶼海域繁殖產卵。 捕獲量已200多噸 比去年多 每到飛魚卵產期，基隆、台北、宜蘭、澎湖等4縣市的漁船相繼湧至彭佳嶼海域，拋放草蓆供飛魚在蓆上「放卵」。最高峰時期，彭佳嶼海域漁火通天，湧捕的國內漁船約有200多艘，加上分杯羹的大陸漁船，約500多艘。 去年間，基隆地區飛魚卵獲量有150噸，今年從五月底迄今，半個月來，已捕獲200多噸。漁民推估基宜北澎4縣市捕獲的飛魚卵量，可達5、600噸。
農委會在新農業運動的施政藍圖中，提出生態漁業的重要方向。農委會漁業署更規畫，為保育漁業資源，嚴禁危害資源或破壞生態的漁業，對於嚴重破壞生態的漁業，將於3年後全面禁止，也希望消費者和漁民全力配合，協助台灣漁業永續經營。 現階段目標鎖定魩鱙(魩仔魚)、珊瑚和飛魚卵等漁業，將於3年後全面禁止捕；而鯨鯊總容許漁獲量上限，也將配合CITES國際規範，採取管制措施。 以魩仔魚來說，由於魩仔魚主要是鯷科魚組成，是沿近海魚類的餌料生物，但長期捕撈後造成漁業資源失衡。漁業署近年已逐年減少魩仔魚的容許上限總量或核准作業船數，2003年的全年上限是3600公噸，但2006已降至3200公噸，2007年2500公噸，2008年2000公噸，2009年起全面禁捕。
