農委會在新農業運動的施政藍圖中，提出生態漁業的重要方向。農委會漁業署更規畫，為保育漁業資源，嚴禁危害資源或破壞生態的漁業，對於嚴重破壞生態的漁業，將於3年後全面禁止，也希望消費者和漁民全力配合，協助台灣漁業永續經營。 現階段目標鎖定魩鱙(魩仔魚)、珊瑚和飛魚卵等漁業，將於3年後全面禁止捕；而鯨鯊總容許漁獲量上限，也將配合CITES國際規範，採取管制措施。 以魩仔魚來說，由於魩仔魚主要是鯷科魚組成，是沿近海魚類的餌料生物，但長期捕撈後造成漁業資源失衡。漁業署近年已逐年減少魩仔魚的容許上限總量或核准作業船數，2003年的全年上限是3600公噸，但2006已降至3200公噸，2007年2500公噸，2008年2000公噸，2009年起全面禁捕。
