這三點特色讓TSSCI產生許多爭議，因為它不再只是個索引，更具有學術量尺的目的，量尺是丈量學者的學術生產品質與數量。國家認為這可以改善中文學術社群的學術水準，學者對TSSCI則是有褒有貶，更因為升等制度與高等教育評鑑的關係，TSSCI不只是單純的索引工具，它成為學術改革中的其中一個向度。
學術期刊的審查，期刊名單的設計，用意在於輔助學術表現的評鑑。但當他成為唯一的評鑑標準時，甚至成為研究資源分配、人員升等與否的評鑑標準時，這個制度就會引起更多人的「關心」。那麼，把餅作大、廣設期刊、相互尋找出路等情況，就成為諷刺的結果。 學術期刊的存在，本來是提供學術研究的心得交流、知識的辯論、知識脈絡的周延等一個平台。但當他成為影響資源分配、升等評鑑的標準時，學術期刊的文化也因此有了那一點點的「政治化」了。
負責評鑑期刊的單位為了防範徇私，想方設法杜絕期刊編輯介入學術生產的過程，如今擔任主編的工作，猶如只是負責確保投稿文章審核是匿名的，所有編務一概程序化。於是，在編輯無法介入，也不敢介入的情況下，投稿人直接面對審核人的予取予求，即使是善意的審核人，投稿人也不敢掉以輕心，以至於投稿文章原本一萬餘字，等到巨細靡遺討好審稿人之後，可能一舉增加到三萬多字。這時作者自己的問題意識已經失焦。失焦的文章沒有人閱讀，無法達到服務知識社群的目的。
內有各大學系所評鑑，重要資訊
