衝突的根源，在於立法院控制行政機關的對外授權談判程序不完備，以致立法及行政部門，對三通協議本身的法律效力有相反的看法。依據兩岸人民關係條例的規定，行政部門與中國所簽訂的協議，乍看像是經過立法院授權行政部門談判，對外簽訂的一種「立法─行政協定」。在程序上來說，經過授權所簽訂的協定內容，表示立法院已明示，這不是行政部門可單獨對外做決定的事項，尚必須經過立法部門的「同意」。的確，兩岸人民關係條例第九十五條規定，三通協定簽訂後仍應送立法院「同意」，但若立法院在會期中一個月內沒有做出任何決定時，三通協定仍自動生效。就法理上來說，「立法─行政協定」的立法「同意」，應該是立法部門有「明確」表示同意或不同意的決定。但是，兩岸人民關係條例的同意，則是以法律規定一個期間，把立法院沒有做決定的事項「視為」同意。由此可知，兩岸人民關係條例的同意，性質上根本不是「立法─行政協定」中的立法「同意」，而是一種「立法否決」（legislative veto）。此一立法「同意」程序的落差，實際上已將三通協定看似「立法─行政協定」的性質，轉變成類似行政部門單獨對外簽訂的一種「行政協定」。
