公民會議結論指出，雖認目前的科學研究認為基改食品對人體健康應不會有立即危險，但仍應注意不可知的風險。因此希望政府進行完善的安全評估，並進行持續性的研究和長期監控。公民小組建議政府能投入更多經費，設立專責機構來進行安全評估，並希望能納入消基會、主婦聯盟或地方志工等團體，共同監督與追蹤，以防範可能的安全風險。
針對生技產業面向的議題，公民小組針對台灣要不要發展相關產業或種植基改作物，有過熱烈的爭辯，最後小組成員均同意，基於環境風險和成本，建議台灣本土不要大量種植基改食品原料作物，而是設立小規模特定區域來發展，並且有完善的隔離方案，以免影響周邊環境生態。
主辦此次會議的台大社會系副教授林國明表示，參加共識會議的20位公民是透過公開徵選，並參考行政院主計處的人口結構資料，依職業、性別、年齡等因素挑選出具有代表性的小組成員，其中包括一位70多歲的謝阿琴女士。
在現場聆聽結論的多位專家，包括長期關心基改議題的台大農藝系教授郭華仁，以及台大維生物與化學研究所教授潘子明，均讚揚公民小組的貢獻，稱其結論「平穩、周到、具有遠見」。主婦聯盟常務董事陳曼麗則進一步期許公民小組，未來可以多參予公聽會或研討會，並親自投入民間團體的活動，讓自己對議題的認識更為深化。
台大社會系教授、身兼公民會議執行委員會主席的陳東升則指出，公民會議是民主深化的特色，近幾年來，台灣已成為世界上舉辦公民會議最多的國家，超過第二名的丹麥；未來勷將持續辦理各種議題的公民會議，包括當前最熱門的全球暖化議題，希望各界關注與參與。
