司馬庫斯風倒櫸木事件自2005年發生以來，產生許多爭議與衝撞。泰雅族人為捍衛本身自治權，不惜出動所有族人聲援3位被起訴原住民青年；林務局則堅持立場，認為風倒櫸木屬於國有財產而不肯退讓。這場原、漢之間的法律攻防戰撼動了2002年推出的「新夥伴關係協定」，讓人質疑政府沒有誠意讓原住民族享有自治、自然主權之權益，接下來的司法判決、抗爭與種種訴求，處處顯示自治口號的虛無與相關法律的欠缺。
