民國九十一年，松山菸廠的廠房、鍋爐房以及部分倉庫，被市政府指定為古蹟。廠區內豐富的生態資源，也逐漸為人所重視。在這裡可以看到熱帶、亞熱帶、溫帶各種氣候下的植物。在1998年松菸停止營運後，原本的庭園植栽加上後來自然演替的本土植物，形成一個半人工半自然的生態環境。如今在松菸場區內可以發現紅冠水雞、保育類的貢德氏樹蛙、黑冠麻鷺，成為台北東區重要的生態跳島。 當大部分的台北人還不清楚松山菸場的歷史與生態價值時，另一個呼聲興起了，那就是在台北的市中心興建一個足以容納四萬人的室內體育場。巨蛋彷彿成為城市美麗的夢想，十多年來政府苦思大巨蛋的落腳處，從關渡平原、市立體育場、到松山菸廠，最後基於腹地大、交通便捷、位於市中心等理由，選擇松山菸廠作為下蛋地點。但學者認為，最重要的理由還是商機。 市政府規劃松菸十八公頃土地，其中八公頃的古蹟建築將規劃為文化園區，而L形的十公頃土地屬於體育園區，包含巨蛋以及百貨公司等等。古蹟學者認為，硬是把巨蛋和古蹟塞在同一個空間，古蹟將受到擠壓。 台北市最後一塊秘密花園，不久之後將矗立起巨蛋、百貨公司與旅館，美夢背後帶來的衝擊會是什麼？ 今年十月三日，台北市政府和遠雄集團簽約，宣告大巨蛋的即將在民國100年誕生。就在簽約前夕，環團體質疑財團變更設計，表面上是體育園區，實際上附屬商業設施卻佔了更大的比重，已經遠離了當初巨蛋設置的精神。 當都市環境水泥化，熱島效應持續發燒，擁有一千五百多棵樹的松菸，顯得彌足珍貴。 巨蛋的興建已是箭在弦上，或許我們該再次走進這片綠色圍籬內，感受松菸的寧靜悠遠，對於城市的未來，也將有不一樣的夢想。
教育局也表示，遠雄提出的環評如與原送審內容不同，必須提出環境現況差異分析，或重做環評送審。 台灣綠黨中執委潘翰聲指出，遠雄初次規畫案雖然通過環評，但現行規畫內容有所變更，應該重新評估。在缺乏適切環評的現狀下，市府急著和遠雄簽約，令人懷疑市府團隊是不是急著在卸任前增加政績。 台灣綠黨與台灣環境網認為，台北不缺「巨蛋商業不夜城」，松山菸廠現有的貢德樹蛙、黑冠麻鷺、螢火蟲、老樹，才是更值得保存的生態資產。 胡培倫說，市府與遠雄集團簽約後，遠雄必須將詳盡開發內容送至樹木保護委員會、古蹟審查委員會、環保局等主管機關審查，通過所有審核才可領取建照。 有關松菸開發文化體育園區的建蔽率，教育局表示，根據BOT招商申請須知，建蔽率上限為60％，遠雄所提投資計畫書建蔽率54.37％並未超過上限。 文化體育園籌備處執行祕書張政忠也表示，園區內已清查列冊的樹木有1480棵，列為保護樹木約100棵，但文化局樹木保護委員會要求一千多棵樹要全部一視同仁，每棵樹都必須詳細說明遷移計畫，經委員會審查通過才可著手遷移。
