馬英九的「不統、不獨、不武」新三不主張，仍然引起不少討論。馬英九表示，「不獨」的主張和「台灣主權獨立」的說法，並沒有扞格之處，因為「不獨」的意思是不推動新憲法或是台灣共和國，他現在競選的是「中華民國」，而不是「台灣國」的總統，這就是他和謝長廷最大的不同。至於「不獨」的主張和馬英九過去曾經說過的「台獨是選項」，馬英九認為也沒有衝突『因為在台灣確實有部分人是主張台灣獨立的，這個看法我不贊成，所以我做總統的話，我不會走這條路，不過我們國民當中，有人有這樣的想法，這是屬於言論自由的範疇，我們應該容許！』
此外，謝長廷希望藍綠陣營應該坐下來，好好協商「入聯公投」和「返聯公投」，馬英九則表示，如果早半年提出這樣的建議才比較有意義，現在都已經成案了，很難在這方面能有什麼進展。
