根據環保署統計，去年國內50條重要河川中（總長度2,934公里），未受或稍受污染長度比率為65.8%，較2005年增加1.6個百分點；輕度污染比率8.7%，較2005年減少1.2個百分點；中度污染比率19.5%，減少0.2個百分點；嚴重污染比率則是5.9%，也略減0.3個百分點，顯示國內河川受污染情況雖略有改善，但改善情況並不明顯。 不過，受污染最嚴重的二仁溪及鹽水溪，去年污染情況卻持續惡化，2005年二仁溪污染長度比率為38.7%，去年卻大幅增加至47.4%；鹽水溪2005年受污染長度比率38.4%，去年也提高至45.7%；至於原本污染最嚴重的北港溪則開始改善，污染長度比率由2005年的47.2%，大幅下滑至2006年的32.8%。 而為加強事業廢水污染管制，改善河川污染情況，去年底列管事業廢水家數達1萬6,459家，較2005年底增加548家；查核3.7萬家次，較2005年增加20.3%；總共處罰1,854件，較2005年增加403件，其中有四件移送檢察機關偵辦。
根據農委會統計，2006年底台灣野生物種共有5,503種（包括植物4,131種、動物1,372種），較2005年底增加32種，而且其中有1,285種是台灣特有物種，占台灣野生物種數的23.4%，顯示台灣生態資源相當豐富。 不過，由於台灣持續進行開發，威脅到野生物種生存環境，2006年底，面臨生存威脅物種數達571種，較2005年底增加38種；更有175種物種面臨滅絕之虞，較2005年底增加了一種。 為使台灣物種在自然狀況下生存、繁衍，2006年底國內已劃設自然保護區80處，較十年前增加八處，自然保護區面積高達70萬2796公頃，較十年前大幅增加53.2%，換算下來，平均每千人擁有30.72公頃自然保護區，較十年前增加9.4公頃。 目前台灣的自然保護區中，野生動物保護區有2萬5828公頃，較十年前增加五倍，野生動物重要棲息環境則高達32萬2267公頃，較十年前大幅增加41.8倍；但國有林自然保護區僅2萬1172公頃，較十年前大幅減少86.1%，自然保留區及國家公園面積則分別為6萬4477公頃及32萬2845公頃，與十年前相當。
