歐盟環保當局坦承，增加生質燃料用量可能導致糧食價格上漲和雨林因開墾種植生質燃料作物被破壞等負面衝擊，歐盟將重新檢討有關運輸燃油必須有10%為生質燃料的政策，因為當初制定政策時沒有考慮到這些問題。
為了增加新能源，科學家正使用一種具爭議性的基因改造工程改變樹木的組成，其主要目標是要減少樹木細胞中的木質素，從而使纖維素轉變成生質燃料的過程能更有效率。 目前在此領域最有成就的，是美國北卡羅萊納州立大學森林資源學院森林學系的森林生物科技專家姜立泉教授（Vincent L. Chiang），他已經培育出木質素比自然生長的樹木少一半的「基因轉殖樹」。姜立泉說，他認為木質素含量低的基因轉殖樹將對能源需求做出重大貢獻。
聯合國：警惕生物燃料沖擊人類環境 聯合國一份報告警告說，如果各國倉促的改用生物燃料將可能對人類生活與環境造成重大衝擊。 聯合國能源機構發表的報告說，生物燃料能夠帶來真正的好處。 報告說，如果樹林被砍伐作為耕地，糧食價格上升與社區得不到擁有權，這將可能造成嚴重的後果。 報告也指出，生物燃料用于生產熱力和電力，比用在運輸方面更有效益。 報告總結說，使用生物質熱電聯產是未來十年減少溫室氣體排放量的最佳選擇，而且價格也非常便宜。 歐洲聯盟與美國近期定下擴大汽車使用生物燃料的重大目標，生物柴油與乙醇被視為是目前最可能代替石油類原料的替代品。 小心適得其反 聯合國的報告稱，如果計劃得宜生物燃料將會是一支原料新力軍，但也可能帶來反效果。 報告稱，新生物能源工業的發展能夠為數以百萬計的人提供清潔的能源服務，同時能夠為貧窮地區製造就業機會與收入。 但食品、土地與農業商品的價格將會上漲，這對貧窮地區將帶來嚴重的衝擊。 在環保方面，對生物燃料的需求加速了伐林墾地，特別是在東南亞國家。這將破壞生態平衡，可能造成二氧化碳排放量的增加。 聯合國能源機構在總結中建議，政策制定者在推動生物燃料計劃前，應該有一個全面的看法。
難道美國在長年的浪費與破壞地球生態之後真的轉性了嗎？非也。首先，生質能源的使用依然迴避了美式資本主義的不可持續性問題，因為整個掠奪性的生產方式不變，只是如今把腦筋動到了農作物，尤其是糧食上頭。這將大大有利於美國長期仰賴政府補貼的農企業，更會使得全球糧食漲價，嚴重危及第三世界窮人的生存。
