該草案有重大缺失：（一）剝奪農民自由處分財產權；（二）架空現有法律，方便財團炒地皮；（三）讓有力人士最受惠；（四）農委會藉機擴權，台灣空間大浩劫；（五）製造地方衝突，派系操弄資源。
馬英九與行政院均稱該法案有助於復興台灣的農漁村，其中多項條文看似納入「生活、生產、生態之三生一體」概念，揚棄過去偏重硬體建設的作法，且設計讓社區「由下而上」提出活化再生計畫；然而，卻有多項強制性條文，對農漁民權益損害甚大，引發爭議。 林淑芬、田秋堇等民進黨立委直呼行政院版農村再生條例是「強制整合＋強制重劃＋強制徵收」＝「強制離農＋強制離土＋強制離家」。
